Struktur Organisasi SMK Sunan Ampel Menganti berdasarkan SK Kepala Sekolah no : 800/597.A/SMP.09/2020 adalah sebagai berikut :
| 1 | Kepala Sekolah | : | Syamsul Maarif, M. Pd., Dip. Ed. ELT. |
| 2 | Wakil Kepala Sekolah | ||
| a. Bidang Kurikulum | : | M. Zainul Afrisyah, S. Pd. | |
| b. Bidang Kesiswaan | : | Mohammad Dedik Irawan, S. Pd. | |
| c. Bidang Sarpras | : | Sutrisno, SE. M.Pd | |
| 3 | Kepala Lab | ||
| IPA | : | Dwiyati Budi U, S. Pd. | |
| 4 | Koordinator BP | : | Andik Eko Prasetyo, S. Pd |
| 5 | Wali Kelas | ||
| Wali Kelas 7A | : | Dwiyati Budi U, S. Pd. | |
| Wali Kelas 7B | : | Fori Andika Sari, S. Pd. | |
| Wali Kelas 7C | : | Nur Fuad Hasan, Lc. | |
| Wali Kelas 8A | : | Moch. Sukron, S. Pd. | |
| Wali Kelas 8B | : | Masrukhan Maghfuri, SE. | |
| Wali Kelas 8C | : | Maria Ulfah, S. Pd. | |
| Wali Kelas 9A | : | Titin Quibah, S. Pd. | |
| Wali Kelas 9B | : | Kurnia Mahmudah, S. Pd. | |
| Wali Kelas 9C | : | Iswahyudi, SE. |