Struktur Organisasi SMP Sunan Ampel Menganti berdasarkan SK Kepala Sekolah no : 800/597.A/SMP.09/2024 adalah sebagai berikut :
| Kepala Sekolah | Mohammad Dedik Irawan, S. Pd. |
| Waka Kurikulum | Dwiyati Budi U, S. Pd. |
| Waka Kesiswaan | M. Zainul Afrisyah, S. Pd. |
| Kepala Tata Usaha | Titin Quibah, S.Pd. |
| Staf Tata Usaha | Yeny Fatmawati, S.Pd. |
| Staf Tata Usaha | Nikmatul Hayati, S.Pd. |
| Pemeliharaan Sarpras | Sutrisno, SE. M.Pd |
| Kepala Perpustakaan | Titin Quibah, S.Pd. |
Wali Kelas
| Wali Kelas 7A | Yeny Fatmawati, S.Pd. |
| Wali Kelas 7B | Feriyanto, S.Pd. |
| Wali Kelas 7C | Farial Lilla Rosemaulidya, S.Pd. |
| Wali Kelas 7D | Annisaul Fathirah, S.Ag. M.Pd. |
| Wali Kelas 8A | Kurnia Mahmudah, S.Pd. |
| Wali Kelas 8B | Abil Wafa Almaulana, S.Pd. |
| Wali Kelas 8C | Fori Andika Sari, S.Pd. |
| Wali Kelas 9A | Sepvian Dwi Angga, S.Pd. |
| Wali Kelas 9B | Nabella Arisandi Rosdiyani Putri, S.Pd. |
| Wali Kelas 9C | Moch. Sukron, S.Or. |